ในปีงบประมาณ พ.ศ. 2566 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษานครปฐม ได้รับงบประมาณประจำปีในภาพรวม 285,033,273 บาท เพื่อดำเนินงานตามนโยบายต่างๆ ของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน ประกอบด้วย 4 ส่วน คือ
1) นโยบายเร่งด่วนของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน ประจำปีงบประมาณ พ.ศ. 2566 (Quick Policy : QP)
2) ตัวชี้วัดแผนปฏิบัติราชการของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน ประจำปีงบประมาณ พ.ศ. 2566 (Action Plan : AP)
3) มาตรฐานสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา ประจำปีงบประมาณ พ.ศ. 2566 ผ่านระบบติดตามอิเล็กทรอนิกส์ของสำนักติดตามและประเมินผลการจัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน (e-MES : electronic Monitoring and Evaluation System)
4) ผลการดำเนินโครงการ/กิจกรรม ที่เกี่ยวข้องของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษานครปฐม